Počátkem devadesátých let se cesty skanzenu a železnice začaly rozcházet a do úspěšného konce byl dotažen pouze projekt skanzenu. Markantním důvodem byla legislativní složitost a náročnost obnovení i jen kratičkého úseku 6km. Vlastníkem zrušené tratě stále byly ČSD, ty měly spoustu starostí s provozními tratěmi a nějaká lokálka kdesi na severu jim byla ukradená a nikdo se tím nehodlal zabývat…….

V roce 1993 návazně na předchozí aktivity vzniklo občanské sdružení Zubrnická museální železnice (ZMŽ), které pokračovalo a pokračuje ( a dnes již můžeme říci že úspěšně ) v úsilí o privatizaci, obnovení trati a zahájení provozu až do současné doby.

K úspěšnějším rokům patřil právě rok 1993, kdy byl zahájen zkušební muzejní provoz (29. května). První vlak do Zubrnic přivezl motorový vůz M 131.1405. Značný zájem si vynutil uspořádání dalších jízd v červenci a v srpnu. Ještě v říjnu trať krátce ožívá parní lokomotivou 423.009.

Od 1. 1. 1994 je na trati provoz zastaven (do vyřešení majetkoprávních vztahů s Českými drahami a orgány státní správy) . Protože se jedná o zrušenou dráhu, nemůže být její veřejný provoz v souladu se Zákonem o drahách č.266/94 Sb. a příslušná jednání však může provádět vlastník nebo jeho zástupce – ČD. České dráhy však nemají zájem o provozování trati, neboť předpokládají dokončení privatizace trati.

V roce 1996 hrozilo lokálce odpojení od sítě v souvislosti s rekonstrukcí staničního zabezpečovacího zařízení ve Velkém Březně, nakonec však vzniklo úpravou vlastní kolejiště muzejní dráhy, které je se sítí spojeno kolejovou spojkou ve směru na Děčín.

Od roku 1997 provádělo ZMŽ opravy železničního svršku na úseku Velké Březno – Zubrnice.

V roce 1998 byl kolejově dochovaný úsek Velké Březno – Zubrnice – Lovečkovice (11 km) zapsán na seznam kulturních památek ČR.

Po neuvěřitelných 16 letech od zahájení privatizačního projektu byla lokálka v roce 2008 odkoupena od Správy železniční dopravní cesty a nyní je ve vlastnictví sdružení. Po dokončení oprav posledních kritických míst, sehnání provozovatele dráhy a získání úředního povolení tak mohl po 17 letech opět začít provoz lokálky s cestujícími. To se stalo jízdou protokolárního vlaku ve středu 27. října 2010. Provoz pro veřejnost byl zahájen o den později, 28. října LP 2010.